Hikaru Shidô est une jeune fille de 14 ans très espiègle et très immature encore pour son âge. Elle est en visite scolaire à la tour de Tokyo et pendant que toutes ses amies se plaignent, elle s'extasie devant la vue qui s'offre à elle à travers les jumelles disposées en haut de la tour. Mais sa joie est de courte durée car la machine s'arrète et Hikaru n'a plus de monnaie. C'est à ce moment qu'une très belle jeune fille apparaît et lui remet une pièce dans la machine avec un grand sourire. Les amies d'Hikaru reconnaissent aussitôt l'uniforme de son école, un établissement qui n'accueille que des génies. Hikaru part tenter de rattraper la jeune fille pour la remercier mais un autre groupe d'étudiantes lui barre la route. Ces amies s'extasient devant la beauté d'une jeune fille aux longs cheveux qui leur semble tout droit sortir d'un magazine de mode. Celle-ci, se sentant épiée se retourne à l'instant même où Hikaru va enfin rattraper la jeune fille qui l'a aidée, mais tout à coup une lumière aveuglante apparaît et les 3 jeune filles se retrouvent coupées du reste du monde.

A travers la lumière, elles distinguent une magnifique jeune femme aux longs cheveux blonds et à l'aspect angélique qui les appelle les "Magic Knight" et le supplie de venir sauver son monde. Mais elles n'ont guère le temps d'admirer plus longtemps l'apparition, le sol les engloutit subitement toutes les trois et elles se retrouvent en train de tomber dans un ciel azur. La chute est longue et Hikaru a le temps de voir ce qui les entoure : face à elles, une montagne flottante, plus loin sur la terre ferme un volcan et en dessous un océan.

Alors que la panique gagne les jeunes filles, un énorme poisson volant surgit devant elles et les récupére sur son dos. Il les conduit jusqu'à la terre ferme et le y dépose, puis attend tranquillement non loin d'elles. Les trois jeunes filles en profitent pour faire le point.

Une seule certitude s'offre à elles : elles ne sont plus à Tokyo. Mais le monde qui les entoure est étrange et totalement inconnu. Les jeunes filles décident alors de se présenter. La première étudiante rencontrée par Hikaru est Fû Hôôji, elle a 14 et va à l'école des génies. La seconde, celle qui ressemble à un mannequin est Umi Ryûzaki, elle a également 14 ans et va dans une école privée pour les filles de riches industriels. Toutes deux restent stupéfaites en apprenant qu'Hikaru a le même âge qu'elles. Il faut dire qu'elle est très petite et possède un visage aux traits encore enfantins.

Mais elles n'ont pas le temps de discuter plus longtemps car un sorcier apparaît. Il est envoyé pour guider les Magic Knight et leur apprendre la raison de leur venue dans ce monde. Et il a de graves informations à leur révéler...