Miyukichan in the Wonderland est composé de 7 mini-récits basés sur les aventures d'Alice au Pays des Merveilles de Lewis Caroll. L'héroïne, Miyuki, est une jeune lycéene assez tête en l'air et qui se laisse vite dépasser par les événements.

Les 7 chapitres :

1. Miyuki au pays des merveilles
Un matin Miyuki se réveille en retard et part en courant en direction de son école. En chemin, elle se fait rattraper par une étrange femme en costume de Bunny (lapin) sur un skateboard. Celle-ci écoute de la musique et ne prête pas attention à la jeune fille qu'elle bouscule. Miyuki tombe alors dans un trou et se retrouve dans un monde étrange...

2. De l'autre côté du miroir
Miyuki est en train de se préparer face à son miroir lorsque soudain son reflet prend vie. Il l'entraîne à travers la glace et la jeune fille se retrouve dans le même monde que la dernière fois mais elle est invitée à une partie d'échec plutôt inhabituelle...

3. Miyuki au pays de la télé
Miyuki se réjouissait de voir un film qu'elle souhaitait regarder depuis longtemps. Malheureusement elle s'endort avant le début. A son réveil, elle se lamente seule dans sa chambre lorsque soudain une paire de jambes sort de son téléviseur et l'entraîne dans le poste. Voilà Miyuki une fois de plus perdue dans un monde étrange...

4. Miyuki au pays des jobs
Miyuki est en retard à son job d'étudiante où elle travaille le soir. Elle se dépêche et se change à toute vitesse, certaine de se faire mal voir par le patron. Mais à son arrivée, elle découvre que la salle a été transformée en un énorme ring où elle est attendue...

5. Miyuki au pays du Mah-Jong
Miyuki a emprunté un manga de mah-jong et le lit dans sa chambre. Elle pose quelques instants l'ouvrage mais lorsqu'elle souhaite de nouveau le saisir, une jeune femme sort de celui-ci. Très vite elle appelle d'autres personnes, en fait toutes trois souhaitent faire une partie de mah-jong avec Miyuki, mais celle-ci n'est pas mise au courant de toutes les règles...

6. Miyuki au pays des jeux
Miyuki est en train de jouer sur une console vidéo à un jeux de rôle mais malheureusement son personnage principal perd la vie en plein combat. Une option apparait alors à l'écran, dévoilant un scénario caché. Miyuki accepte aussitôt cette partie sans savoir ce qui l'attend...

7. Miyuki au pays de X
Miyuki est au cinéma en train de regarder le film X-1999 (du Studio CLAMP) lorsque elle se retrouve entraînée dans l'écran. Tout les personnages la prennent pour le héros de l'histoire, Kamui et la supplient de sauver le monde. La pauvre Miyuki n'a pourtant pas encore tout vu...