Voici une présentation des personnages principaux de X-1999. Certaines choses ont été volontairement omises afin de ne pas "spoiler" ceux qui ne connaissent pas encore toute l'histoire.

Donc certains personnages qui apparaissent par la suite de même que certains détails concernant les personnages ont été volontairement oubliés. 

Kamui Shirô

Age : 16 ans

Physique :
Il est très mignon (selon les jeunes filles) mais également très petit pour son âge. Il a de courts cheveux noirs et un regard profond. Il porte toujours des habits de couleur sombre. Il a également un très beau sourire mais on ne voit guère celui-ci depuis son enfance.

Caractère :
Kamui est un garçon très introverti. Il cache ses sentiments et préfère afficher un masque de froideur pour ne pas montrer ses pensées aux autres. Il a parfois du mal à garder son calme et peut piquer des colères effroyables.

Ce qu’il aime :
Ses amis d'enfance, sa mère.

Ce qu’il n’aime pas :
Etre manipulé, le mensonge, être impuissant.

Histoire :
Kamui a vécu toute son enfance à côté de chez les Mono. Il est né de père inconnu et sa mère et celle de Kotori et Fuma étaient très proche. Il est donc devenu inséparable avec les deux enfants. Mais il y a six ans lui et sa mère ont soudainement déménagé sans explication. Il revient aujourd'hui à Tokyo.

Kotori Monô

Age : 16 ans

Physique :
Elle est très jolie mais également chétive. Mince et fragile elle a de longs cheveux blonds et bouclés et de grand yeux ainsi qu'un visage très expressif. Elle porte toujours des robes ou des jupes.

Caractère :
Kotori est une jeune fille rêveuse à la santé très fragile. Elle a bon cœur et aime venir en aide aux autres, ou leur faire plaisir. Elle est très sensible et s'inquiète facilement.

Ce qu’elle aime :
Les animaux, les plantes, aider les autres.

Ce qu’elle n’aime pas :
Le sang, la violence.

Histoire :
Kotori a vécu une enfance heureuse avec Fuma, son frère et Kamui qui ont toujours veillés sur elle. Mais il y a 6 ans sa mère est tout à coup décédé et juste après Kamui et sa mère ont déménagé. Elle a une santé très fragile aussi son frère veille sur elle en permanence. Mais elle a fait un merveilleux rêve où Kamui revenait.

Fuma Monô

Age : 17 ans

Physique :
Il est grand et musclé avec de larges épaules. Ses cheveux noirs sont coupés court et il a un regard froid. Il sourit rarement et garde son visage fermé.

Caractère :
Fuma est un garçon très sportif qui aime l'action. Mais il n'est pas curieux par contre il est très serviable et rend volontiers service. Il est très protecteur envers sa petite soeur.

Ce qu’il aime :
Sa petite soeur, le sport (prinicpalement le basket).

Ce qu’il n’aime pas :
Etre ignoré, être mis à l'écart.

Histoire :
Fuma a toujours veillé sur Kotori depuis sa plus tendre enfance assisté de Kamui. Mais à la mort de la mère de Fuma, Kamui et sa propre mère ont déménagé soudainement et depuis il n'en a plus eu de nouvelles. Mais ce matin Kotori qui est spécialement de bonne humeur lui avoue avoir rêvé que Kamui revenait.